La zona arqueológica de San Felipe tiene una superficie de 52 hectáreas, de las cuales 18 están destinadas al centro ceremonial; fue descubierta en el año de 1963 y denunciada ante el Instituto Nacional de Antropología e Historia, quien comisionó al Dr. Román Piña Chan para atender los primeros trabajos de exploración.

Pero fue hasta 1973 en que las exploraciones arqueológicas se iniciaron con formalidad a cargo del arqueólogo Otto Schöndube Baumbach; a partir de 1981 se hizo cargo de las obras el arqueólogo Ramón Carrasco. La arqueóloga Estela Peña Delgado atiende la zona desde el año de 1991.

Los trabajos de limpieza, de investigación, y restauración han permitido determinar algunas conclusiones que confirman la presencia de los matlatzincas en esta región.

Según la arqueóloga Estela Peña, la zona está constituida por cuatro grupos arquitectónicos: Grupo de la pirámide mayor, el que esta construido sobre una eminencia natural desde la cual se puede controlar los diferentes accesos.

Este grupo esta formado por un gran basamento de cuerpos escalonados y sobre el cual se ubicaba un templo de madera y tejamanil. De las cuatro caras de este cuerpo, la mejor conservada es la oeste, cuenta con seis cuerpos superpuestos, en su parte central hay una escalinata que conduce a la plaza, se cree que las ceremonias rituales se realizaban en este espacio. En su parte sur se observan seis cuerpos escalonados en regular estado de conservación. La cara este cuenta con tres cuerpos que también han sido restaurados. En la cara norte se puede apreciar un primer cuerpo.